El MK Team quería continuar la historia y seguir con el torneo como medio para definir el Destino de La Tierra, mejor conocida como EarthRealm. Sin embargo, ésta vez quisieron inclinarse a desarrollar un videojuego más oscuro y serio, dentro de los parámetros "normales".
Aprovechando el avance de la tecnología, crearon gráficos más realistas para representar el caos junto a una impecable jugabilidad para ambientalizar y tener en claro nuestro objetivo: La Tierra estaba siendo invadida y totalmente destruída. Teníamos que salvarla para no revivir el desastre en carne propia transcurridos en los tiempos de MKII... Fue así como ésta 3er entrega se tornó como un juego que podíamos 'sentir más de cerca' al tratarse de nuestro Mundo y zonas de kombates en plena ciudad caótica, y no un ambiente tan oriental ni un torneo controlado.
Lanzado para Arcade en 1995, MK3 presentó grandes cambios en los personajes (en su físico y en los movimientos), escenarios (aspecto, efectos y melodías), jugabilidad (más rápida y combinable), entre otras características...
Más allá de éstos grandes y positivos cambios, lo más negativamente destacado fué la ausencia de algunos personajes, entre ellos, los reconocidos Scorpion y Sub-Zero. La falta de éstos 2 grandes íconos, principalmente, disgustó a los fans. Éste pequeño detalle les salió caro a los desarrolladores, ya que el título no tuvo tanto éxito como sus antecesores. Éste título se presentó con 15 personajes (9 nuevos y 6 de las anteriores entregas), junto a escenarios totalmente innovadores, pegadizas melodías y notables efectos, los cuales marcaron el estilo de una nueva etapa en la franquicia, creando así, elementos que hasta hoy en día se utilizan para nuevos títulos.
La jugabilidad no sólo presentó mayor fluidez, sino que también era posible configurarla, es decir, se agregó más opciones en el menú principal y también se agregó debajo de la pantalla VS (cuando se juega de a 2) un recuadro con 6 íconos (3 para cada jugador), los cuales deberían ser combinados los 6 de determinada manera para configurar el modo de juego. Para destacar, se ha agregado el 3er mini-juego de la saga, basado en las naves que disparan a "bichos espaciales" estilo Galaxian y Galaga. Incluyeron un nuevo remate final llamado Animality, el cual se trata de acabar con el oponente con la furia de un animal, transformándose en uno, y más Stage Fatalities adaptadas a los nuevos escenarios que presentaba éste juego. Pero no sólo ésto, sino que otro tipo de interacción con las arenas había sido incluída: Cuando golpeábamos al rival con un uppercut (piña alta ó conocido como gancho), éste salía disparado hacia arriba, rompiendo el techo y pasándose al escenario superior (si es que lo había). Las arenas The Subway, The Bank y The Soul Chamber eran parte de ésta novedosa interacción.
MK3 fué lanzado originalmente para Arcade. Luego fué adaptado para las consolas del momento, como Sega Genesis, Super Nintendo (con censura opcional), Game Boy (sin Shang Tsung, Jax, Liu Kang, Stryker, Nightwolf y Kung Lao) y PC (Windows).
Para rematar, fué lanzada la versión Ultimate MK3 (1995), el remake con los icónicos personajes (Scorpion y Sub-Zero) incluídos, junto al agregado de otros kombatientes y más escenarios. Transformándose éste en el proceso intermedio para llegar finalmente a MK Trilogy (1996) el predecesor con unos agregados detalles pertenecientes a los 1ros 2 títulos, presentando así un roster kompleto (incluyendo jefes finales como seleccionables y personajes secretos como novedad) junto a todas las arenas de kombate vistas desde 1992 en un sólo juego para las consolas del momento que los anteriores títulos (en la mayoría) no han tenido su versión: PSX, Nintendo 64, PC y Sega Saturn.